El Consejo Universitario es la autoridad colegiada responsable de expedir todas las normas y disposiciones generales encaminadas a la mejor organización y funcionamiento técnico, docente y administrativo de la Universidad. Con base en el Artículo 16 del Estatuto General de la UNAM, el Instituto de Radioastronomía y Astrofísica contará con dos consejeros representantes de los investigadores, uno titular y uno suplente, ante el Consejo Universitario.